Kazuki Mutō, 16 ans, assiste à l'attaque d'une jeune fille par un serpent géant et décide de lui porter secours puisque celle-ci semble n'avoir rien remarqué. Cependant, son cœur se fait transpercer par la queue du serpent et... il se réveille en nage dans son lit en criant. Il pense donc avoir été victime d'un cauchemar. Seulement, le soir même, un des professeurs de son lycée l'attaque en se transformant en serpent monstrueux, le même que celui de son "cauchemar". Alors qu'il fuit, son téléphone vibre et à l'autre bout du fil, la voix d'une jeune fille l'autorisant à utiliser son "pouvoir". Plus tard dans le combat il se remémorera les événements de la veille : une jeune fille, dont on apprend par la suite qu'elle se nomme Tokiko Tsumura, lui a remplacé son cœur transpercé par un Nucloton, produit issu de recherches alchimiques, lui permettant ainsi de continuer à vivre normalement. Il apprendra que Tokiko est en fait une guerrière alchimique œuvrant pour une organisation chargée de maintenir cette science secrète en combattant notamment les Homoncules. Malgré les mises en garde de la guerrière, Kazuki décide de l'aider dans sa tâche afin de protéger ses amis.